蛋白分析FAQ彙總

• • 如何使用質譜服務執行蛋白質組學服務？

  蛋白質組學或蛋白質鑑定使用與液相色譜耦合的高解析度質譜儀（例如，Orbitrap Fusion）對來自生物樣品蛋白水解產生的肽進行串聯質譜（MS/MS）分析。透過蛋白質資料庫搜尋，從與每種蛋白質相對應的幾種或多種獨特肽中鑑定出蛋白質。相關服務:組學分析

• • 樣品在提交時應該放在什麼緩衝液中？

  我們更喜歡提交考馬斯染色 SDS-PAGE 凝膠的樣品。凝膠應在水中徹底脫色，並放入乾淨且不含角蛋白的容器中。或者，樣品也可以在 Laemmli 緩衝液中提交，並將在我們提供的預製凝膠上執行。用於一維電泳的樣品體積不應超過 50 µl，二維電泳最大為125µl(總蛋白不超過50 ug)。相關

• • 樣品中的洗滌劑是問題嗎？怎樣才能去除它們？

  實驗室中使用的大多數標準洗滌劑（例如：SDS、Tween、Triton 等）與下游 LC/MS 分析不相容，因此它們不應包含在您的樣品中。因此，如果在樣品製備過程中不能省略它們，則必須將其去除。為此，我們建議使用“Wessel-Fluegge 方案”沉澱您的蛋白質。該方案得到的乾燥蛋白質顆粒

• • 鑑定或定量需要多少蛋白質？

  一般考馬斯亮藍染色的凝膠條帶鑑定成功率很高。對於複雜的樣品混合物我們建議每孔最多上樣 50 ug 蛋白質（總量），單個蛋白質條帶最少上樣 50 ng。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 我可以提交銀染凝膠嗎？

  一般來說，銀染色不是與質譜結合的最佳方法。 我們寧願推薦使用敏感的膠體考馬斯藍染色劑。但請注意，也可以提交使用質譜相容試劑的近期開發的銀染凝膠。為此，首選 ThermoFisher Scientific 的 SilverQuest Silver 染色試劑盒。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品

• • 是否推薦使用特定的一維凝膠系統或考馬斯染色？

  大多數 SDS-PAGE 系統都適用於下游質譜分析。我們可以推薦 4-12% 梯度 NuPAGE Bis-Tris 預製凝膠（首選 ThermoFisher Scientific），因為它們與膠體考馬斯藍染色劑（首選 ThermoFisher Scientific 或 SERVA Quick

• • 定量有哪些可能性？

  可能性包括無標記（MaxQuant LFQ，光譜計數）、化學（例如二甲基）或代謝標記（例如 SILAC）以及使用 AQUA 肽的絕對標記。相關服務:定量蛋白組分析

• • SILAC 的第一步是什麼？從哪裏獲得標籤培養基？

  細胞同位素標記必須由您（使用者）完成。所需的 SILAC 培養基可從各種供應商處獲得，例如 Silantes、 ThermoFisher Scientific等。爲了獲得可靠的 SILAC 量化，我們強烈建議在開始任何實際實驗之前檢查您選擇的細胞系中重氨基酸的摻入效率。請注意，我們已經成功地

• • 你們能保證我的樣品有效嗎？

  不，我們不能保證質譜結果會為您提供您正在尋找的資訊。但是，如果您在樣品製備之前諮詢我們，我們將完成所有樣品製備和測量步驟，並與您討論潛在的問題和最佳工作流程。在進行整個研究之前，我們通常會進行初步研究，以確保您的樣品以正確的方式進行處理和測量，併爲您提供回答特定生物學問題所需的高質量資料。相

• • 你們支援翻譯後修飾 (PTM) 蛋白的分析嗎？

  是的，我們已經建立了一個基於 IMAC（固相金屬親和色譜）的蛋白質組學工作流程，專門從蛋白質組學樣品中富集磷酸肽。其他 PTM 型別的富集需要我們的合作者進行，但也可以由我們測量和分析。我們還分析純化的蛋白質樣品，無需額外的 PTM 富集步驟。在純化的蛋白質樣品（例如 Co-IP 樣品）中無