從譜庫搜尋中最終可鑑定出多少肽？是mProphet決定了確定的肽的鑑定嗎？

我們沒有計算過這個數字，同時此資料庫目的不是最大化這個數值。相反，我們只是展示如何使用Skyline軟體並依靠該工具比較得出它與其他工具驗證後的資料匹配性和可行性。mProphet演算法可自動分配q值，並由您來設定您的q值截止值以實現“自信識別”，其中1% FDR是一個較為常見的截止值。我們打算在未來使用誘餌分佈和Storey-Tibshirani演算法（與mProphet一樣）將q值分配給預設的Skyline分數。mProphet可以被認為是一個由2 部分組成的方法（非常類似於Percolator工具），第 1 部分：特徵係數訓練以生成模型/特徵權重集，第 2 部分：用得到的方程對所有峰進行評分並分配 q 值。第 2 部分可應用於Skyline預設使用的固定權重，但尚未完成，將來可能會往這個方向發展。

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