常規樣本與石蠟包埋樣本全轉錄組測序，資料質量是否不同？

常規樣本（如新鮮凍存的組織或細胞）和石蠟包埋樣本（如福爾馬林固定石蠟包埋，FFPE）的全轉錄組測序確實在資料質量上可能存在差異。這些差異主要是由樣本處理、儲存方法以及RNA的提取和質量等因素造成的。




一、RNA的完整性：




1.常規樣本：

通常來自新鮮或快速凍結的組織，其中的RNA更完整，沒有經過任何修復或長時間儲存導致的降解。因此，從這些樣本中獲得的轉錄組資料通常質量更高，更具代表性。




2.FFPE樣本：

福爾馬林固定過程會導致RNA降解和化學修飾（主要是甲基化），這會影響後續的RNA提取和測序。從FFPE樣本中提取的RNA通常是碎片化的，這可能影響測序讀長和後續分析。




二、資料的代表性和準確性：




由於RNA的降解，FFPE樣本中的轉錄組資料可能不如常規樣本全面和準確。RNA的斷裂可能導致覆蓋度不均和偏向於3'端的測序結果，從而影響基因表達的定量和轉錄本的鑑定。




福爾馬林引起的化學修飾也可能干擾逆轉錄和擴增步驟，導致資料偏差。




三、可重複性和一致性：




常規樣本通常能提供更高的實驗可重複性和資料一致性。




相比之下，FFPE樣本的處理和儲存條件可能在不同的實驗室和不同時間點之間變化較大，從而影響資料的一致性。




儘管存在這些挑戰，但FFPE樣本在臨床研究中極為常見，因為它們允許長時間儲存並可回顧歷史樣本。爲了克服FFPE樣本的限制，研究人員已開發了專門的預處理方案和分析策略，例如使用更敏感的RNA提取方法、專為碎片化RNA設計的文庫製備方法，以及校正測序偏差的生物資訊學工具。透過這些方法，即使是質量受損的FFPE樣本也可以用於有意義的轉錄組學研究。




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