代謝組學FAQ彙總

• • 代謝組學能檢測到的物質含量的下限是多少？

  由於物質本身的化學性質和不同檢測平臺的靈敏度不同，因此 ，可能濃度相同的同一物質，一種平臺能檢測出來，而另一種平臺檢測不到；或者含量相同的不同物質用同樣靈敏度的儀器，一個能檢測出來，而另一個檢測不出來。相關服務:代謝組學

• • 質譜時如何選擇正負模式？

  根據化合物的性質來決定，鹼性化合物易帶正電荷，適合選擇正離子模式，可以觀察到不同的分子離子；酸性化合物易帶負電，選擇負離子模式能觀察到更多的分子離子。相關服務:代謝組學

• • 如何篩選差異代謝物？

  一般同時利用單變數統計和多元變數統計模型的閾值進行差異代謝物的篩選，常用的單變數統計T檢驗的閾值是P1。相關服務:差異代謝產物聚類分析

• • 利用常用的閾值（VIP＞1和P＜0.05）篩選到差異代謝物，該怎麼辦？

  這種情況可以考慮提高閾值，比如VIP＞1.5，或P＜0.01。或者試試對檢測到的物質進行GO/KEGG通路富集分析。相關服務:PLS-DA/OPLS-DA二維圖

• • PCA和OPLS-DA模型中，偏離95%置信區間的樣本資料需要剔除嗎

  如果是生物學重複裡出現一兩個偏離置信區間的樣本，可以不刪除，因為生物學重複本來就是爲了減少誤差。相關服務:PLS-DA/OPLS-DA二維圖

• • PLS-DA模型交叉驗證得到的Q2<0.5,該模型還能用嗎？

  沒有要求說Q2值小於0.5模型就不可用，只是一般認為Q2值越接近1模型預測性就越好，若Q2值小於0.5，說明可信度不高，預測的結果沒那麼準確。相關服務:PLS-DA/OPLS-DA二維圖

• • 如何驗證差異代謝物的功能？

  對找到的差異代謝物進行前期的代謝通路分析，明確其屬於哪條調控通路，並對該通路上的其他分子進行功能驗證。此外，還可以利用轉錄組和蛋白組等其他組學研究進行相互補充。相關服務:KEGG差異代謝產物通路分析

• • 代謝組學可以檢測哪些樣品？

  代謝組學就是對細胞、生物流體、組織或生物體內的小分子代謝物（MW<1000DA）進行大規模研究，可檢測的樣本有很多，比如尿液、外泌體、腦脊液、血漿、血清、唾液、淋巴液、羊水、卵泡液、膝蓋滑液、眼淚、精液細胞/組織/植物/真菌/微生物/糞便及腸道內容物提取物等。相關服務:靶向代謝組學

• • 如何分析代謝組學資料？

  對於代謝組學資料可以進行PCA/PLS-DA/OPLS-DA分析、差異化合物篩選及鑑定、多組分關聯分析、代謝通路分析以及多組學資料關聯分析等。相關服務:代謝組學生物資訊學分析

• • 選擇什麼生物樣本型別開展臨床代謝組學實驗？

  選擇何種型別的樣本開展實驗，取決於課題的研究目的和檢測目標。若是想發現和驗證臨床診斷的生物標誌物，可以選擇血液、唾液、尿液以及糞便等生物樣品；其次根據檢測目標選取不同型別的生物樣本，比如檢測菌群相關代謝物，優先選擇糞便或腸道內容物樣本、口腔粘膜等樣品。相關服務:代謝組學