DDA蛋白質組學、DIA蛋白質組學與靶向蛋白質組學在資料獲取方式上有何差異，他們的優點和侷限性分別是什麼？

DDA-資料依賴性採集：經典鳥槍蛋白質組學。質譜儀選擇MS1中最高強度的離子進行MS2電離。優點：無偏倚的蛋白質檢測。無需事先假設。缺點：由於不同的肽段在不同的執行中檢測到，所分析的蛋白質重複性低，批次效應大。同樣導致許多資料丟失。在確定檢測樣本中含量最高的蛋白質時誤差較大，尤其是對蛋白質濃度動態範圍波動很大的血漿樣品來說。DIA-資料獨立採集：“滑動視窗”選取一定質荷比範圍的MS1離子進行後續的MS2分析，從而實現所有離子的掃描分析。優點：無偏倚的蛋白質檢測。無需事先假設。可檢測大量蛋白質。缺點：獲取的資料太多導致分析資料的速度下降。由於收集了太多的資料，需要進行復雜的資料分析來獲取單個肽的強度，通常使用肽段資料庫來實現這一目的。靶向MS：對目標肽進行任意型別的質譜分析，實際上通常是SRM或PRM，可能具有穩定同位素標準（SIS）。優點：批次效應較少。SIS可實現更好的量化，甚至絕對量化。重複性好，資料缺失少。缺點：需要開發靶向分析。在實驗之前，需確定要分析哪些蛋白質。SIS價格昂貴。




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