為什麼要將蛋白質消化成肽進行液相色譜-質譜分析，而不是直接分析蛋白質？

雖然質譜儀可以測量完整蛋白質的質量，但在蛋白質組學中分析肽而不是蛋白質的原因有很多：1、蛋白質可能難以處理，並且在相同的條件下可能並不都是可溶的。2、此外，質譜儀對蛋白質的靈敏度遠低於對肽的靈敏度，並且蛋白質可能被處理和修飾，使得組合效應使得無法確定許多所得同種型的質量。此外，從序列中預測成熟，正確修飾的蛋白質的質量並不容易，或者相反，哪種蛋白質可能產生了測量的蛋白質質量。最重要的是，如果目的是鑑定蛋白質，則需要序列資訊，並且質譜儀最有效地從長達約20個殘基的肽中獲取序列資訊，而不是從整個蛋白質中獲取序列資訊。然而，使用非常專業的裝置，從完整的蛋白質中獲取部分序列資訊成為可能，然後可以將其用於鑑定目的或以稱為“自上而下”蛋白質測序的方法分析蛋白質修飾。

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