Nano LC-MS 用於蛋白質鑑定的優勢是什麼？

Nano LC-MS 在蛋白質鑑定方面比 MALDI-TOF MS 更靈敏有兩個主要原因。首先，由於肽的質量和每個肽的兩個系列片段都存在，即使消化物中低至一個肽也可以鑑定蛋白質。相比之下，基於 MALDI-TOF 的蛋白質鑑定只能確定肽的質量；因此，它需要檢測大量的肽才能實現高可信度的蛋白質鑑定。其次，在基於 MALDI 的 MS 分析過程中，通常只有很小百分比（通常為 1/1000 到 1/10000）的肽分析物被使用。這兩個因素的結合使 LC-MS 技術比基於 MALDI-TOF 的 MS 技術更加靈敏，儘管基於 MALDI -TOF 的蛋白質鑑定的通量比基於 Nano LC-MS 的蛋白質鑑定高數百倍。Nano LC-MS 在蛋白質鑑定中的另一個重要優勢是它能夠分析非常複雜的混合物，因為樣品中的肽在 MS 和 MS/MS 之前透過 HPLC 分離。因此，如果該蛋白質的一個或多個肽在整個 LC 分離過程中沒有被其他肽完全掩埋，即使是蛋白質混合物中的一小部分也可以被鑑定出來。相比之下，多肽混合物在 MALDI-TOF 分析過程中沒有分離，因此幾乎不可能鑑定出蛋白質混合物中的小部分蛋白質，甚至很難判斷基於MALDI-TOF 的蛋白質鑑定過程中是否遺漏了某些蛋白質。當用SDS-PAGE代替2D凝膠製備樣品時，這一問題變得非常嚴重，因為在大多數微尺度蛋白純化過程中，多個蛋白在一個凝膠帶內共遷移往往是規律而不是例外。




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