基於生物標誌物的蛋白質組學鑑定，應該選擇 DDA 還是 DIA？

對於 DDA，您可能需要TMT或MS1色譜圖提取工具，如MaxQuant 或Mascot Distiller（或Skyline）。而且，您需要決定是使用需要試劑的等壓標記方法（如TMT標記），還是使用色譜峰面積的無標記方法。如果是後者，那麼無標記MS1方法可以更容易與無標記 DIA 進行比較，後者將根據從MS/MS中提取的色譜圖進行量化。近年來，越來越多研究表明，DIA MS/MS方法會產生更多選擇性定量和更少缺失值，但大多數人仍然認為它比使用MS1提取的DDA方法工作量更大。您必須根據可用的資源和專業知識做出選擇。

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