如何決定對裂解物或免疫沉澱物以溶液還是凝膠條帶形式的樣品進行分析?

    對於Label free非標定量分析,我們通常使用溶液內消化來限制樣品間的變化量。用溶液樣品進行消化和後續分析,還可以最大數量的獲得蛋白定性“組分表”。該方法有助於避免因凝膠提取效率而產生的偏差,並在樣品很少的情況下提高樣品的原始靈敏度。因此,我們可以對蛋白質含量低至0.1 ug的樣品進行溶液內消化和分析。 十二烷基磺酸鈉聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)聯合LC-MS/MS (GeLC) 最常見的應用就是定性鑑定免疫沉澱或蛋白質純化後特定凝膠條帶的組成。 其他幾種聯合使用方案表明基於凝膠的分析可能很有用。例如,GeLC 可以從分析中排除一種或多種高丰度蛋白,這在免疫共沉澱研究中很有用,因為誘餌蛋白的水平高於其他相互作用蛋白,而這些高丰度誘餌蛋白會干擾低丰度相互作用蛋白的檢測。GeLC 還可與 1D-LC-MS/MS分析結合使用,為您的樣品提供二維分離,從而提高蛋白質組覆蓋率。我們還結合使用SILAC和GeLC 來量化蛋白質組響應細胞刺激的變化。


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