SWATH定量—為什麼不透過在 MS 和 MS/MS 級別對樣品中的每個離子進行測序來生成資料庫
理論上應該這樣做。 理想情況下，機器的速度足以在 0.7 Da 的小視窗中掃描整個 m/z 範圍，這對應於 MRM 視窗，並且是我們可以用四極杆隔離的最小視窗。掃描蛋白質通常的m/z範圍（從350到1250 m/z）代表了大約1285個獨立的0.7 Da視窗，在這個視窗中我們必須分離和破碎前體離子以記錄其碎片離子。然而，實際的MS技術與這個數字相差甚遠。使用最新版本的質譜儀，TripleTOF 6600，可以在1個週期內定義200個較大的m/z視窗。那麼既然我們有每一個視窗的MS和MS/MS資訊，為什麼不能用200個較大的視窗來生成資料庫？答案是，我們從一個SWATH視窗的分析中得到的是這個視窗中出現的所有MS/MS離子的混合碎片。一些演算法能夠對這種錯誤的MS/MS訊號進行解構，使MS/MS片段只與一個MS離子相關。然而，這些演算法並不完美。因此，如果需要的話，可以在沒有獲得IDA的情況下生成一個數據庫。即做一個SWATH採集，並在資料上執行一個去摺積演算法。結果是得到一個MS離子的列表，加上它們的解卷MS/MS片段，這與IDA模式完全一樣。
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