我應該使用1D還是2D SDS PAGE？

2D PAGE是從複雜蛋白質組學樣品中分離和視覺化許多蛋白質的經典方法。它可以讓您瞭解樣品純度，這在依靠色譜純度相對較高（>80%）的樣品進行質譜分析之前非常有用，例如完整的質譜測定或肽圖譜。然而，2D PAGE也有一些缺點。例如，你很少觀察到疏水性膜蛋白，因為它們在IEF期間沉澱了。因此，你很可能只觀察到凝膠pI範圍內的蛋白質，通常pH為4-7或3-10，凝膠中蛋白質的分子量範圍約為10-130 kDa。因此，對於大的疏水性蛋白質，最好使用1D SDS PAGE。主要原因是您可以將蛋白質溶解在含有0.1%SDS的1D SDS PAGE緩衝液中。但除此之外，凝膠沒有pI限制，MW範圍可以高達1000 kDa。另一種可能性是用於蛋白質混合物的溶液消化。這種方法是在凝膠內消化和鑑定每個條帶的蛋白質ID之前跑膠並剪下感興趣的蛋白條帶的替代方法。通常，您會透過LC-MS/MS和隨後在Swiss-Prot/UniProtKB中的資料庫搜尋來識別數百甚至數千種蛋白質。




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