區分兩個約 100 KD 的蛋白質所需的最小質量差是多少？

分辨兩個 100 kD 蛋白質的最大限制是同位素分佈的寬度，其在 100 kD 處約為 50 個質量單位寬（Yergey, J., Heller, D., Hansen, G., Cotter, R. J., and Fenselau, C., Anal. Chem.1983, 55, 353-356)。因此，要檢測兩種約 100 kD 的蛋白質，它們之間的質量差應至少為 50 Da。這種質量差異可以用解析度為 2000 的儀器檢測到，例如，在 Keck 實驗室的 Micromass Q-Tof API ，其解析度約 為10000 。還要注意術語解析度之間的細微差別；在 m/z 或道爾頓，解析度是區分兩個峰之間的最小間距；與解析度相對的為m/Dm，其中Dm為最大峰高50%處的線寬。另一個需要考慮的因素是，爲了檢測最小的質量差異，兩種蛋白質的濃度應該相似。另一個常見的挑戰是這種大小的蛋白質可能不是同質的（例如，由於翻譯後修飾的不同水平和型別，它們可能具有微異質性，或者它們可能含有鈉或其他陽離子加合物）。這會導致更寬的峰和帶有“尾”的峰，意味著需要更大的質量差來檢測這兩種組分。對於一個 100000 Da 均質蛋白質，Q-Tof API 的質量準確度約為 +0.02% 或更低（或約 +20 Da）。因此，如果有一個 100000 Da 蛋白質的溶液，其中一半的蛋白質分子有翻譯後修飾，如果後者引入了大於約 50 Da 的質量差異，則後者可以被解析和測質量。然而，質量測量中的不確定性（每個組分測量中 +/-20 Da）會阻礙修飾的鑑定。




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