真核有參轉錄組測序，拿到資料怎麼分析？圖怎麼做？

真核有參轉錄組測序（RNA-Seq）的資料分析是一個複雜的過程，包括多個步驟，如資料質量控制、比對、表達量定量、差異表達分析、功能註釋和通路分析等。以下是一個大致的分析流程：




1.質量控制：

使用如FastQC進行原始測序資料的質量檢查。包括序列的質量分數、鹼基組成和序列重複性等。




2.去除接頭和低質量序列：

使用工具如Trimmomatic或Cutadapt去除測序接頭和低質量序列。




3.序列比對：

將處理後的序列比對到參考基因組上。常用的比對工具包括STAR、HISAT2等。




4.定量表達：

用工具如HTSeq或featureCounts對比對後的結果進行基因表達水平的定量。統計每個基因或轉錄本的讀段計數（count），作為表達量的指標。




5.差異表達分析：

使用DESeq2或edgeR等工具，根據讀段計數進行表達量的標準化，然後識別在不同條件或樣本間表達量顯著差異的基因。




6.功能註釋與富集分析：

對差異表達的基因進行功能註釋，並進行通路或基因本體（GO）富集分析，如使用DAVID或GSEA工具。




二、圖表的製作：




1.質量控制圖：

• 工具：FastQC、MultiQC。
• 圖表：質量分佈圖、GC含量圖、序列重複圖等。
• 目的：視覺化資料質量，幫助判斷是否需要資料修剪或過濾。




2.表達量分佈圖：

• 工具：R或Python（例如ggplot2、matplotlib）。
• 圖表：箱線圖、直方圖等。
• 目的：展示不同樣本中基因表達量的分佈情況




3.差異表達分析圖：

• 工具：R或Python。
• 圖表：火山圖（顯示錶達量變化與統計顯著性）、MA圖（表達量變化與平均表達量的關係）。
• 目的：視覺化差異表達基因，突出顯著變化的基因




4.聚類和熱圖：

• 工具：R或Python。
• 圖表：聚類熱圖。
• 目的：顯示樣本或基因之間的相似性和差異性，揭示潛在的生物學模式。




5.主成分分析（PCA）圖表：

• 工具：R或Python。
• 圖表：PCA散點圖。
• 目的：降維展示樣本間的整體表達模式和變異。




6.功能註釋和富集分析圖表：

• 工具：R或Python。
• 圖表：GO或KEGG富集條形圖、泡泡圖等。
• 目的：展示差異表達基因在不同生物學過程、通路中的富集情況。




注意：每個步驟可能需要根據具體的實驗設計和資料特性進行調整，資料分析時合理選擇工具和引數。




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