做丙二醯化蛋白用普通非修飾靶標抗體孵育蛋白丰度是降低，但用修飾靶標抗體孵育卻升高，正常嗎？修飾蛋白不是也該被非修飾抗體靶標到嗎？
您所提的情況涉及蛋白質的化學修飾及其對免疫檢測（如Western blot）的影響。蛋白質的丙二醯化可能會影響蛋白質的三維結構，從而影響抗體的識別。
當您使用非修飾靶標抗體孵育蛋白時，如果觀察到蛋白丰度降低，可能是因為：
1.結構改變：
丙二醯化可能改變了蛋白質的構象，使得原本的表位（epitope）被遮擋或者改變，導致非修飾靶標抗體無法有效地識別和結合。
2.抗體特異性：
抗體可能主要識別非修飾的蛋白質，對於已經發生丙二醯化修飾的蛋白識別能力下降。
3.競爭性抑制：
如果修飾發生在抗體識別的表位附近，修飾可能干擾抗體的結合。
另一方面，使用修飾靶標抗體孵育卻顯示蛋白丰度升高，這可能是因為：
1.抗體設計：
修飾靶標抗體是專門設計來識別丙二醯化修飾的蛋白質的。如果蛋白質發生了丙二醯化，這些抗體會更容易識別和結合修飾後的蛋白，從而顯示更高的訊號。
2.修飾增強結合：
丙二醯化可能使得蛋白質在電泳過程中的遷移發生變化，或者增強了修飾靶標抗體的結合親和力。
通常來說，即使蛋白質發生了翻譯後修飾，非修飾抗體仍然可以一定程度上識別和結合蛋白質，但這很大程度上取決於修飾對蛋白結構的影響和抗體的特異性。如果修飾改變了抗體識別的特定氨基酸序列或改變了蛋白質的三維結構，非修飾抗體可能就無法有效識別修飾蛋白。因此，您觀察到的結果在生物學上是有可能的，並且可以透過上述機制來解釋。
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