做蛋白KEGG通路註釋及富集分析是挑自己需要的通路列出還是根據P值大小列出？
在進行蛋白質KEGG通路註釋和富集分析時，您可以根據兩種主要的標準來選擇列出的通路：
1.基於P值的選擇：
這是最常用的方法。在這種情況下，您可以根據統計顯著性（通常是P值）來選擇通路。P值較小的通路通常被認為在統計上更顯著，意味著您的資料集與這些通路有更強的相關性。選擇P值低於特定閾值（例如0.05或0.01）的通路進行報告和討論是常見做法。
2.基於特定生物學需求的選擇：
在某些情況下，您可能對特定的生物學過程或通路特別感興趣，無論它們的P值如何。例如，如果您的研究專注於特定的疾病或生物學過程，即使這些通路的P值不是最低的，您也可能更願意關注與這些過程相關的通路。
通常，最好結合這兩種標準進行選擇。首先，使用P值來識別統計上顯著的通路，然後在這些通路中進一步探索與您研究最相關的通路。此外，考慮到假陽性的可能性，進行多重檢驗校正（例如，使用FDR）來調整P值也是一個好主意。
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