想做蛋白質相互作用網路圖,在STRING資料庫裡找不到藍莓這個物種,請問有其他方式做網路互作圖嗎?
STRING資料庫是一個常用的蛋白質-蛋白質互作(PPI)資料庫,但它只包含了一部分已知的生物物種。 如果你的目標物種(如藍莓)不在STRING中,你可以嘗試以下方法來繪製蛋白質相互作用網路圖:
1.基於同源性的預測:
如果某些與藍莓相近的物種在STRING或其他資料庫中有已知的蛋白質相互作用資訊,你可以使用這些資訊來預測藍莓中的蛋白質相互作用。這種方法基於一個假設:相近的物種中具有同源蛋白質的相互作用可能也在藍莓中存在。
2.使用其他的資料庫:
除了STRING,還有其他的蛋白質相互作用資料庫,如BioGRID、IntAct和MINT等。你可以查詢這些資料庫,看是否有藍莓的資料。
3.文獻挖掘:
你可以檢查關於藍莓蛋白質相互作用的文獻,手動從中提取資訊並構建網路。
4.實驗驗證:
如果你有實驗室資源,可以考慮使用酵母雙雜交、共沉澱、質譜等方法,對藍莓的蛋白質進行實驗,獲得相互作用資料。
5.使用計算預測方法:
一些軟體如PSIQUIC、Cytoscape可以幫助你預測蛋白質之間的相互作用。
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