二代測序文庫的接頭一般都有幾個不同功能序列組成?
二代測序(也稱為下一代測序,Next-Generation Sequencing,簡稱NGS)文庫的接頭設計對於有效測序至關重要。一般來說,接頭中包含了幾個功能性的序列,這些功能性序列用於與測序儀器、核酸擴增和分子標識等互動。
以下是常見的功能性序列組成:
1.引物結合位點:
這部分序列是爲了之後在測序反應中能與測序引物或PCR引物結合。這使得文庫中的片段可以被擴增或直接進行測序。
2.多樣性序列:
有些文庫製備協議在接頭中包含一個或幾個隨機核苷酸,以增加接頭的多樣性。這有助於最佳化測序平臺上的聚類形成。
3.文庫標識或Barcode(也稱為Index):
這是一串短序列,使得不同樣本可以在同一次測序中進行混合測序,而後可以基於這些標識序列進行分離。這種策略稱為多重索引或多樣本測序。
4.平臺特異序列:
一些測序平臺可能需要特定的接頭序列以確保與該平臺的化學反應和讀取方式相容。
5.“P5”和“P7”結合區域:
針對某些測序平臺(如Illumina平臺),這些序列是用於固定文庫片段到流式晶片或奈米孔上的。
6.熔解溫度控制序列:
可以控制整個接頭的熔解溫度,以確保PCR等反應的效率和特異性。
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