代謝物按照vip p值篩選的是有二級質譜資訊的嗎，沒有鑑定出來要先剔除嗎。二級做的不好，只比對上幾十種，可不可以先篩選再鑑定

在代謝組學的分析過程中，確實通常需要進行一些篩選來確定最重要或最相關的代謝物。在一些情況下，VIP (Variable Importance in Projection)值和p值常被用來作為篩選的一依據。通常，VIP值用於在PLS-DA (Partial Least Squares Discriminant Analysis)模型中確定最重要的變數，而p值則用於確定變數的統計學顯著性。

然而，VIP值和p值是針對所有已測定的代謝物的，無論它們是否有二級質譜資訊。這就意味著，如果某些代謝物在初步的質譜分析中沒有被鑑定出來，它們仍然可能會在這個步驟中被考慮和計算。

關於你的問題，是否要在篩選之前剔除沒有被鑑定出來的代謝物，這其實取決於你的研究目標和你使用的資料分析策略。一般來說，如果你的目標是尋找特定的、已知的代謝物與研究的現象或條件的相關性，那麼可能會選擇剔除那些沒有被鑑定出來的代謝物。然而，如果你的目標是探索性的，或者你希望找出可能的新的或未知的代謝物，那麼你可能會選擇保留這些沒有被鑑定的代謝物，以便在後續的分析中對它們進行進一步的探索和研究。

對於你說的二級質譜做得不好，只比對出幾十種，這其實是一個常見的問題。二級質譜的鑑定困難，成功率低，因為需要和已知的資料庫進行比對，而這些資料庫可能並不全面，或者說測量條件、儀器等因素可能造成誤差，使得比對結果不理想。你提出的“先不鑑定，先按照vip p值篩選，篩選完了再鑑定”這種方法是可行的，可以透過這種方式先篩選出重要的代謝物，然後再進行深入的鑑定。這也是代謝組學研究中常見的做法。

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