質譜儀測氨基酸序列打碎多肽鏈後到底是怎麼測序的，不應該是除了端位，剩下的都無法判斷嗎？
質譜法是一種強大的工具，用於測量氨基酸序列。這種方法通常涉及到使用碰撞誘導解離（CID）或其他方法（如電子轉移解離，ETD）將多肽鏈碎裂為較小的片段，然後透過測量這些片段的質量來推斷原始蛋白質的氨基酸序列。
質譜法的關鍵步驟包括：
1.電離：
首先，樣品被電離，通常是透過電噴霧離子源（ESI）或者基質輔助鐳射解吸離子源（MALDI）。
2.碎裂：
然後，這些離子在質譜儀中被碎裂。碎裂的方式可以有多種，如碰撞誘導解離（CID）或電子轉移解離（ETD）。
3.測量：
最後，這些碎片離子的質荷比（m/z）被測量。這些碎片離子的質荷比可以用來推斷原始多肽的氨基酸序列。
在這個過程中，可以透過比較每個碎片離子的質量差，推斷出原始多肽的氨基酸序列。比如，一個碎片離子的質量為1000，另一個碎片離子的質量為1200，那麼可以推斷出這200質量單位的差異來自於一個或多個氨基酸。透過查表可以確定這個差異對應的氨基酸。
除了端位以外，也可以確定其他位置的氨基酸序列。在肽段經歷質譜分析後，會產生一系列大小不一的碎片離子。這些碎片主要透過在肽鍵上的斷裂產生，形成一系列稱為b離子和y離子的碎片。b離子是從肽段N端開始計數的，y離子則是從肽段C端開始計數的。透過這兩種碎片的配對，我們可以得到原始肽段的氨基酸序列。
例如，如果我們有一個b離子，其質量與原始肽段的質量差值對應某個氨基酸的質量，同時，我們也有一個y離子，其質量與原始肽段質量差值也對應那個氨基酸的質量，那麼我們就可以確定原始肽段在那個位置上是那個氨基酸。
因此，在質譜測序中，我們不僅可以確定肽段的端位氨基酸，還可以確定肽段中的其他位置的氨基酸序列。這需要複雜的資料分析，但是有很多專門的軟體可以完成這項任務。如SEQUEST，MASCOT和MaxQuant等。這些軟體可以幫助解析複雜的質譜資料，並與已知的蛋白質資料庫進行匹配，以幫助確定可能的氨基酸序列。
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