圓二色譜分析蛋白二級結構，怎麼準備樣品，樣品濃度，樣品buffer？

圓二色譜（Circular Dichroism，CD）是一種常用於分析蛋白質二級結構的光譜技術。樣品的準備和測量條件對CD譜的質量和準確性有很大影響。在製備樣本過程中，需要注意：




1.樣品準備：

• 蛋白質需要純化，儘量避免雜質和其他干擾物質。
• 如果蛋白質需要進行重摺疊，應確保獲得正確摺疊的蛋白質。
• 避免使用可能影響CD訊號的試劑，如去除鹽、重金屬離子等。
• 在測量前，透過離心或過濾除去懸浮顆粒，以避免光散射干擾。




2.樣品濃度：

• 蛋白質的濃度取決於測量波長範圍。在遠紫外區（190-260 nm）測量二級結構時，建議使用較低的蛋白質濃度（通常在0.1-1 mg/mL之間）；在近紫外區（260-320 nm）測量三級結構時，可以使用較高的蛋白質濃度（通常在1-10 mg/mL之間）。
• 適當調整測量通道的寬度，以適應不同濃度的樣品。對於低濃度樣品，可以使用較寬的通道（1-10 mm）；對於高濃度樣品，可以使用較窄的通道（0.1-1 mm）。




3.樣品buffer：

• 選擇適當的緩衝液以保持蛋白質的穩定性和摺疊狀態。常見的緩衝液如PBS、Tris-HCl等，pH值通常在7.0-8.0之間。
• 避免使用高濃度的鹽、尿素等，因為它們可能干擾CD訊號。
• 避免使用可能吸收紫外光的緩衝液組分，如某些氨基酸、核苷酸等。
• 保持緩衝液濃度較低（通常在5-20 mM之間），以減少光吸收和干擾。
• 在實際操作中，可能需要對樣品條件進行多次嘗試和最佳化，以獲得清晰、可靠的CD譜。在獲得CD譜後，可以透過專業軟體（如CDNN、BestSel等）對蛋白質二級結構進行定量分析。




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