maxquant解析蛋白質譜怎麼使用？

使用MaxQuant解析蛋白質質譜的基本步驟如下：




1.資料預處理：

收集原始的蛋白質質譜資料，如.raw格式檔案，這通常來自質譜裝置。您也需要關於您的樣品的一些基本資訊，如蛋白酶的型別（例如，胰蛋白酶）以及修飾。




2.設定引數：

在MaxQuant中設定您的質譜實驗的特定引數。在主介面的左側，您可以看到各種選項卡，如'群組','全域性引數', '標準引數'等。在'全域性引數'中，您需要輸入原始資料檔案的路徑，以及輸出檔案的路徑。在'標準引數'選項卡中，您可以設定特定的實驗引數，如蛋白酶的型別，修飾等。




3.執行MaxQuant：

點選主介面下方的"開始"按鈕，MaxQuant會開始分析您的質譜資料。執行時間可能會有所不同，取決於您的資料的大小和複雜性。




4.結果解析：

MaxQuant執行完成後，結果檔案將儲存在您指定的輸出資料夾中。主要的結果檔案是proteinGroups.txt，它包含了每個蛋白質的量化資訊。其他結果檔案，如peptides.txt和evidence.txt，包含了更詳細的資訊，如肽段和PSM（Peptide Spectrum Matches）的資訊。

 

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