蛋白純化,為什麼純化的蛋白大小和預計的不符,預測的大小為107kd,跑膠出來卻是60kd?

    如果你純化的蛋白質在SDS-PAGE電泳後顯示的分子量遠小於預計值(例如,預計為107 kDa但實際顯示為60 kDa),可能有幾個原因:


    1. 蛋白質降解

    最常見的解釋是蛋白質在提取和純化過程中部分降解。這通常是由於蛋白酶的活性。確保在蛋白質提取和純化過程中新增適量的蛋白酶抑制劑,並儘量快速操作。


    2. 起始密碼子選擇錯誤

    在異源表達的情況下,如果構建的表達載體起始密碼子選擇不當,可能導致翻譯從一個不正確的起始密碼子開始,從而生成一個截短的蛋白質。


    3. RNA降解或不完整轉錄

    如果是由RNA轉錄而來的,那麼RNA的降解或者不完整的轉錄也可能是原因。


    4. 翻譯後修飾

    某些翻譯後修飾可能會導致蛋白質更容易降解或者在SDS-PAGE下表現異常。


    5. 特殊的蛋白質結構

    非常少數情況下,蛋白質的二級、三級或四級結構可能會在SDS-PAGE下影響其遷移,但這通常不會引起如此大的分子量差異。


    6. 實驗錯誤

    比如說樣品製備錯誤,導致測得的蛋白質分子量不準確。


    解決辦法:


    1.質譜分析

    對蛋白質樣品進行質譜分析,以確定其氨基酸序列,確認是否與預期相符。


    2.Western Blot

    使用特異性抗體進行Western blot分析,進一步確認蛋白質的身份。


    3.重新設計和驗證表達構建

    確保你的表達載體設計正確,並透過DNA測序進行驗證。


    4.最佳化純化條件

    例如,新增蛋白酶抑制劑,降低操作溫度等。


    5.RNA質量檢查

    如果是從RNA轉錄得來的,檢查RNA的質量和完整性。


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