蛋白純化,為什麼純化的蛋白大小和預計的不符,預測的大小為107kd,跑膠出來卻是60kd?
如果你純化的蛋白質在SDS-PAGE電泳後顯示的分子量遠小於預計值(例如,預計為107 kDa但實際顯示為60 kDa),可能有幾個原因:
1. 蛋白質降解
最常見的解釋是蛋白質在提取和純化過程中部分降解。這通常是由於蛋白酶的活性。確保在蛋白質提取和純化過程中新增適量的蛋白酶抑制劑,並儘量快速操作。
2. 起始密碼子選擇錯誤
在異源表達的情況下,如果構建的表達載體起始密碼子選擇不當,可能導致翻譯從一個不正確的起始密碼子開始,從而生成一個截短的蛋白質。
3. RNA降解或不完整轉錄
如果是由RNA轉錄而來的,那麼RNA的降解或者不完整的轉錄也可能是原因。
4. 翻譯後修飾
某些翻譯後修飾可能會導致蛋白質更容易降解或者在SDS-PAGE下表現異常。
5. 特殊的蛋白質結構
非常少數情況下,蛋白質的二級、三級或四級結構可能會在SDS-PAGE下影響其遷移,但這通常不會引起如此大的分子量差異。
6. 實驗錯誤
比如說樣品製備錯誤,導致測得的蛋白質分子量不準確。
解決辦法:
1.質譜分析:
對蛋白質樣品進行質譜分析,以確定其氨基酸序列,確認是否與預期相符。
2.Western Blot:
使用特異性抗體進行Western blot分析,進一步確認蛋白質的身份。
3.重新設計和驗證表達構建:
確保你的表達載體設計正確,並透過DNA測序進行驗證。
4.最佳化純化條件:
例如,新增蛋白酶抑制劑,降低操作溫度等。
5.RNA質量檢查:
如果是從RNA轉錄得來的,檢查RNA的質量和完整性。
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