opls-da中s-plot怎麼做

S-plot 是一種常用的視覺化工具，用於在OPLS-DA（或PLS-DA）分析中鑑定那些對類別區分最有貢獻的變數。S-plot 結合了負荷值和相關係數，變數以一種易於解釋的方式展示。以下是進行 S-plot 分析基本步驟：




1.資料準備：

首先，需你需要一個已經透過 OPLS-DA 分析的資料集，包括各個變數（比如代謝物、基因表達水平等）的測量值。




2.執行OPLS-DA模型：

使用OPLS-DA分析你的資料，建立一個模型，區分不同的實驗組或條件。通常涉及到計算得分、載荷以及模型的統計驗證（如交叉驗證、預測準確性等）。




3.提取模型引數

從OPLS-DA模型中提取相關引數，特別是載荷（p）和相關係數（p(corr)）。載荷反映了變數對模型的貢獻，而相關係數表示變數與響應變數之間的相關性。




4.建立 S-plot：

使用提取的載荷和相關係數建立S-Plot。在S-Plot中，橫軸可以表示載荷（p），而縱軸表示標準化載荷（p(corr)）。這樣的圖形有助於識別那些對區分不同類別（如疾病與健康狀態）最重要的變數。




5.結果分析：

在S-Plot中，位於兩端（即遠離原點）的變數是最重要的，因為它們顯示了與類別區分最相關的強訊號。高載荷值表明變數對模型有較大貢獻，而高相關係數表明變數與響應變數之間有強相關性。




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