Metaboanalyst做oplsda圖怎麼看

OPLS-DA圖通常包含得分圖（score plot）和負荷圖（loading plot），得分圖顯示樣本在模型主成分上的投影，通常用於展示不同組（如疾病組和對照組）之間的分離。負荷圖顯示各個變數（如代謝物）對模型分離能力的貢獻。




1.解讀得分圖

• 樣本聚類：觀察不同組別的樣本是否形成獨立的聚類。良好的模型應顯示出清晰的組間分離。
• 模型質量指標：關注模型的R2（解釋的變異比例）和Q2（預測能力）值。R2接近1表示模型擬合度高，Q2接近1表示良好的預測能力。




2.解讀負荷圖

• 關鍵變數識別：在負荷圖中，遠離原點的變數對組間分離貢獻更大。這些變數可能是區分不同樣本組的關鍵代謝物。
• 方向性：變數在負荷圖上的位置反映了它們與分離方向的關聯。例如，在疾病與對照組比較中，位於疾病組方向的代謝物可能在疾病狀態下上調。




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