如何研究蛋白質相互作用網路?
- 實驗方法:使用蛋白質互作實驗方法(如Y2H、Co-IP、AP-MS等)進行大規模篩查。
- 公共資料庫:利用已有的蛋白質-蛋白質互作資料庫(如BioGRID、STRING等)收集資料。
- 整合來自不同來源和實驗方法的資料。
- 清洗資料,去除冗餘和不可靠的互作資訊。
- 使用網路視覺化和分析工具(如Cytoscape)構建蛋白質相互作用網路。
- 節點代表蛋白質,邊代表蛋白質之間的相互作用。
- 拓撲分析:分析網路的拓撲特性,如度分佈、聚類係數等。
- 模組識別:識別網路中的功能模組或亞網路。
- 關鍵節點識別:識別網路中的中心或關鍵節點。
- 對網路或子網路進行功能富集分析,確定主要的生物學路徑和過程。
- 利用基因本體論(Gene Ontology, GO)或其他資料庫進行功能和路徑分析。
- 選擇網路分析的一些關鍵發現進行進一步的實驗驗證。
研究蛋白質相互作用網路主要包括以下幾個步驟:
1. 資料收集:
2. 資料整合和清洗:
3. 網路構建:
4. 網路分析:
5. 功能分析:
6. 實驗驗證:
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