生信分析FAQ彙總

• • KEGG 資料庫怎樣進行通路分析？

  當進行通路分析時，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）資料庫是一個非常有用的工具。KEGG資料庫提供了豐富的生物資訊學資源，包括基因、蛋白質、代謝物等的註釋和分類資訊，以及各種生物通路的詳細描述和圖示。下面是關於如何使用KEGG資料庫進行

• • kegg 結果如何實現視覺化？

  使用 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）進行分析時，可以透過多種方式將結果視覺化，比如： 1.KEGG Mapper： KEGG Mapper是一個線上工具，可以將基因、代謝物或其他生物學實體的KEGG註釋結果視覺化為KEGG通路圖。

• • 各位大佬，怎麼用kegg資料庫查詢某一個微生物菌的代謝途徑呀，沒用過，怎麼查詢，有知道的不，謝謝？

  使用 KEGG 資料庫查詢某一個微生物菌的代謝途徑時，可以按照以下步驟進行： 1.開啟 KEGG 資料庫的網站（https://www.kegg.jp/）。 2.在網站的搜尋欄中輸入你要查詢的微生物菌的名稱或者 KEGG ID。如果你不知道微生物菌的名稱，可以嘗試輸入其屬名或者其他相關資訊

• • 在做KEGG富集分析時，對照組或處理組的fpkm值是0的情況下是怎樣處理log2foldchange？

  當進行KEGG富集分析時，如果對照組或處理組的fpkm值為0，可以透過以下方法處理log2foldchange： 1.加入一個小的常數值： 在計算log2foldchange之前，可以為所有的fpkm值加上一個小的常數值，例如0.1或0.01。這樣可以避免出現log2(0)的情況，同時保持

• • 使用DEseq2進行轉錄組差異表達分析，實驗組和對照組樣本數量必須相同嗎？

  使用DEseq2進行轉錄組差異表達分析時，實驗組和對照組樣本數量並不一定要相同。DEseq2基於負二項分佈模型來估計基因表達的離散性，並使用負二項分佈模型來進行差異表達分析。 DEseq2對於實驗組和對照組樣本數量的要求並不嚴格。實際上，DEseq2可以處理不同條件下的不同樣本數量。在DE

• • 求問，蛋白組學挑選差異通路和蛋白的時候應該怎麼選？是根據通路找蛋白還是根據蛋白找通路？GO怎麼分析？

  在選擇差異通路和蛋白時，我們可以根據通路找蛋白，也可以根據蛋白找通路。同時，我們可以使用Gene Ontology（GO）進行分析。下面我將逐步解答你的問題。 一、根據通路找蛋白還是根據蛋白找通路？ 1.根據通路找蛋白： 當我們已經知道某個通路在特定條件下發生了變化，我們可以透過蛋白組學

• • 蛋白組學中用Uniport註釋蛋白功能和將蛋白id轉化為基因id後進行GOKEGG富集分析有區別嗎？

  使用蛋白ID進行GO/KEGG富集分析和將蛋白ID轉化為基因ID進行分析可能會得到相似的結果，但還是有些許差異： UniProt主要關注單個蛋白質的詳細註釋，而GO/KEGG富集分析關注的是基因或蛋白質列表中的整體功能趨勢或富集模式。 當你需要了解單個蛋白質的資訊時，可以使用UniProt

• • 請問有人會用質譜分析軟體AxION eCipher嗎？

  AxION eCipher是一款由SCIEX公司開發的質譜分析軟體，專門用於處理和解析質譜資料。它提供了一系列功能和工具，幫助使用者進行質譜資料的處理、分析和解釋。 在開始使用AxION eCipher之前，你需要確保已經安裝了該軟體，並且具備相應的許可證。安裝過程可以參考SCIEX官方網

• • 怎麼簡單的做Go註釋分析？

  要簡單地進行GO（Gene Ontology）註釋分析，你可以遵循以下步驟： 1.準備你的基因列表： 首先，你需要一個你感興趣的基因列表，例如，來自轉錄組測序的差異表達基因列表。 2.選擇一個線上工具： 有多個線上工具可以簡單地進行GO註釋和富集分析。以下是一些常用的工具： DAVID

• • GO功能註釋分析圖?橫縱座標代表什麼？ 以及黑色圓圈，以及圖中的紅色柱形圖是什麼？

  GO功能註釋分析圖是一種常用的生物資訊學工具，用於對基因或蛋白質的功能進行註釋和分析。下面是對你提出的問題的詳細解答： 一、橫縱座標代表什麼？ 1.橫座標： 橫座標通常代表不同的GO功能術語或分類。GO（Gene Ontology）是一種用於描述基因和蛋白質功能的標準化分類系統，包括三個