怎麼簡單的做Go註釋分析?

    要簡單地進行GO(Gene Ontology)註釋分析,你可以遵循以下步驟:


    1.準備你的基因列表

    首先,你需要一個你感興趣的基因列表,例如,來自轉錄組測序的差異表達基因列表。


    2.選擇一個線上工具

    有多個線上工具可以簡單地進行GO註釋和富集分析。以下是一些常用的工具:

    • DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery): 是一個非常流行的線上生物資訊學工具,提供了一系列功能,包括GO富集分析。
    • g:Profiler: 是另一個流行的線上工具,允許使用者進行GO富集分析以及其他多種型別的功能富集分析。
    • PANTHER:一個提供GO和通路分析功能的線上工具。

    3.進行GO富集分析

    • 開啟你選擇的線上工具。
    • 將你的基因列表貼上到相應的輸入框中。
    • 根據你的研究物種,選擇適當的背景基因集。這通常是整個基因組,但也可以是一個特定的基因子集。
    • 執行分析。

    4.解釋結果

    • 工具將返回與你的基因列表顯著富集的GO術語。這些術語分為三大類:生物過程(BP),分子功能(MF)和細胞組分(CC)。
    • 對於每個GO術語,你通常會得到一個p值,表示該術語在你的基因列表中的富集程度是多麼顯著。一般情況下,經過多重檢驗校正後的p值較小(例如,<0.05)表示該GO術語在你的基因列表中顯著富集。

    5.視覺化:大多數工具還提供了結果的視覺化選項,如條形圖、散點圖或樹狀圖,幫助你更直觀地理解結果。


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