分子量約為29KD的目標蛋白透過WB進行鑑定，是否可以直接執行單向 SDS-PAGE，然後切膠進行肽質量指紋圖譜（PMF）？

使用 SDS-PAGE 分離然後切膠進行 PMF 是完全可行的。但是PMF比對是肽圖譜，存在一定的假陽性機率，所以對蛋白純度要求比較嚴格。因此，建議將 SDS 凝膠跑掉，以確保切出的蛋白凝膠不受其他蛋白凝膠的影響。另外，切膠時要注意不要被角蛋白等雜蛋白汙染。PMF鑑定效率高於N端測序，且價格更低。如果蛋白質的數量和純度足夠，PMF結果將同樣可信。




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