蛋白組分析中DDA和PRM

DDA（data-dependent acquisition）和PRM（parallel reaction monitoring）是質譜不同的資料採集模式。DDA主要用於非靶向蛋白質組學的研究，PRM則用於靶向蛋白質組學的研究。百泰派克生物科技提供基於質譜的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白質組學分析服務。



蛋白組分析中DDA和PRM

DDA

DDA（data-dependent acquisition）即資料依賴型掃描模式，是最早和最簡單的質譜資料採集模式，主要用於以取樣和發現蛋白質為主要目標的蛋白質組學的研究中。在DDA資料依賴型掃描模式中，MS1掃描期間到達質譜檢測器的豐富最高的離子的子集在MS2序列掃描中被單獨隔離並碎片化，每一個MS2掃描都可以用生物資訊學來分析。DDA資料依賴型掃描模式通常可以鑑定出數千種蛋白質。但是，如果有太多的肽段共洗脫並在一次MS1掃描中出現，DDA資料依賴型掃描模式只會隨機取樣最豐富的肽段而忽略其餘的，會降低分析的重現性並阻礙了低丰度肽段的測定。因此，當以精確定量、重現性和驗證為主要目標的蛋白質組學研究需求出現，MRM和PRM靶向蛋白質組學應運而生。

PRM

PRM（parallel reaction monitoring）是一種基於高解析度和高精度質譜的資料採集技術，衍生於MRM（multiple reaction monitoring），可用於靶向定量蛋白組學中目標蛋白分子的研究。與DDA模式下儀器根據丰度選擇前體離子不同，在MRM和PRM中，要分析的前體離子由使用者固定。MRM和PRM透過將MS1和MS2掃描僅集中在一小組預先確定和識別的肽上，避免了DDA的不精確性和不可重複性。雖然DDA存在缺陷，但它的檢測範圍廣、設定和分析簡便，是PRM靶向蛋白質組學分析前用於篩選感興趣的目標蛋白質的主要方法, 如iTRAQ、TMT、Label-free和SILAC蛋白質組學等，都是基於DDA的技術。

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