為什麼單細胞轉錄組有較高基因反義區比對？

單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)是一種對單個細胞內的RNA分子進行測序的方法。在分析scRNA-seq資料時，有時會觀察到較高的反義鏈或反義區域的比對。這是因為：

 

1.本質存在的反義轉錄: 實際上，反義轉錄在很多細胞中都是一個自然發生的過程。這些反義RNA通常在功能上與其對應的基因有關，並可能涉及到基因的調節、表達抑制等。例如，一些反義RNA可以與正義鏈mRNA結合，形成雙鏈結構，從而防止mRNA被翻譯。 

 

2.技術原因: 在scRNA-seq的樣品準備過程中，可能會引入了模板切換事件。在逆轉錄過程中，當RNA聚合酶遇到RNA的結構障礙或模板切換時，它可能會跳到附近的RNA分子，這可能導致cDNA合成發生在非模板鏈上，從而產生反義RNA。

 

3.隨機引物: 使用隨機引物進行反轉錄時，可能會產生反義RNA的cDNA，這可能導致在測序資料中觀察到反義區比對。

 

4.資料分析的偏見: 在處理scRNA-seq資料時，庫準備、比對策略和使用的參考基因組都可能影響到比對的結果。例如，當使用包含多種轉錄本和非編碼RNA的詳盡的參考基因組進行比對時，可能會觀察到更多的反義區域比對。

 

百泰派克生物科技--生物製品表徵，多組學生物質譜檢測優質服務商

 

相關服務：

單細胞測序