單細胞多組學整合效果評價標準有哪些?

在單細胞多組學整合中，評價整合效果的標準可以從多個角度進行考量。以下是一些常見的評價標準：




1.聚類一致性：

透過比較整合前後資料的聚類結果，評估細胞在整合後是否保持相似的聚類結構。可以使用聚類一致性指標，如Adjusted Rand Index (ARI)、Normalized Mutual Information (NMI)等來衡量。




2.基因表達調整：

考察整合前後的基因表達模式，判斷整合是否導致了不必要的批次效應或是損失了特定細胞亞群的表達差異。可以透過觀察PCA、UMAP或t-SNE等降維圖來進行判斷。




3.細胞型標記物保留：

檢查整合後的資料是否仍然保留了特定細胞型的標記基因表達模式，即是否仍能準確地鑑定和區分各類細胞。




4.跨樣本細胞相似性：

比較不同樣本間相同細胞型別之間的相似性，評估整合後細胞之間的跨樣本一致性。




5.轉錄組一致性：

檢查細胞在整合前後的轉錄組表達是否保持一致，這可以透過繪製細胞之間的相關性熱圖和基因表達的散點圖等來觀察。




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