單細胞 seurat 聚類後如何獲取表達目的基因的細胞進展亞分群並對特定亞群感興趣基因分組分析？

在使用Seurat進行單細胞聚類後，獲取表達目的基因的細胞亞群並對特定亞群進行感興趣基因的分析可以按照以下步驟進行：




1.獲取表達目的基因的細胞亞群：

首先，根據你感興趣的基因列表，從Seurat物件的基因表達矩陣中篩選出這些基因的表達值。可以使用Seurat的函式如FetchData()或SubsetData()來實現。然後，透過篩選後的表達矩陣重新進行聚類，可以得到目標基因的細胞亞群。




2.標記目標亞群：

在得到目標基因的細胞亞羣后，可以使用Seurat的Idents()函式將目標亞群進行標記，方便後續的分析。




3.基因分組分析：

對於感興趣的基因，可以使用Seurat的FindMarkers()函式進行差異表達基因分析，找出在目標亞群中顯著表達的基因。該函式會對目標亞群和其他亞群之間進行差異表達分析，得到差異表達基因列表和統計結果。




4.視覺化：

對於找到的差異表達基因，可以使用Seurat的內建繪圖函式，如VlnPlot()、DotPlot()、FeaturePlot()等來進行視覺化，以展示目標亞群與其他亞群之間的表達差異。




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