de novo測序應用
De novo測序（從頭測序）是一種不依賴已知DNA或RNA序列資訊，直接對蛋白質樣本進行序列分析的技術。這種方法主要用於鑑定和研究那些未知或未被完全註釋的蛋白質，尤其是在那些基因組序列不完整或不存在的物種中。從頭測序允許我們發現和研究新的或變異的蛋白質，這些蛋白質可能在疾病發生、藥物開發等方面具有重要作用。
圖1. 多肽從頭測序 高質量光譜理論碎片離子示意圖
以下是一些De novo測序的應用領域：
圖2. 從頭測序
1、新蛋白質的發現
蛋白質從頭測序的主要應用之一是發現以前未知或未表徵的蛋白質。這些隱藏的寶石可能掌握著理解關鍵細胞功能的關鍵，它們的識別可以激發各個領域的突破性發現，包括癌症生物學、藥物開發和免疫學。
2、破譯翻譯後修飾 (PTM)：
翻譯後修飾 (PTM) 是蛋白質合成後發生的化學改變。PTM 可以深刻影響蛋白質的功能、穩定性和相互作用夥伴。從頭測序可以闡明 PTM，使研究人員能夠解開復雜的蛋白質調控和訊號通路網路。
3、徹底改變抗體研究：
在免疫學領域，蛋白質從頭測序徹底改變了抗體研究。它使科學家能夠確定抗體的精確序列，這是開發治療從癌症到自身免疫性疾病等多種疾病的單克隆抗體的關鍵一步。
4、探索非模型生物
在生態和進化研究中，研究人員經常遇到非模式生物或基因組註釋不完善的生物。而蛋白質從頭測序的優勢就在於可以在不受參考資料庫限制的情況下識別蛋白質，為生物多樣性和適應的新見解開啟了大門。
質譜技術的最新進展顯著提高了蛋白質從頭測序的精度和靈敏度。高解析度質譜儀提供更精細的質量測量，從而提高肽測序的置信度和準確性。這一技術飛躍擴大了蛋白質組學研究中從頭測序的範圍和適用性。另一方面，機器學習演算法也促進了蛋白質從頭測序的正規化轉變。透過利用大量資料集和模式，這些演算法增強了序列解釋的可靠性和穩健性。它們具有進一步提高從頭測序結果的準確性並簡化蛋白質表徵過程的潛力。
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