泛素化蛋白用什麼富集
常用的泛素化蛋白富集方法主要包括:
1、抗泛素抗體富集:
這是最常見的泛素化蛋白富集方法之一。研究人員使用具有高親和力的抗泛素抗體,將其結合到泛素化蛋白上,然後透過免疫沉澱或親和層析等方法將泛素化蛋白與抗體結合,隨後可以用於進一步的分析,如質譜鑑定或蛋白質親和實驗。這些抗體可以特異性地識別並結合到蛋白質上的泛素標籤。常用的是抗K48和K63鏈特異性的泛素抗體,以及能識別多種泛素鏈型別的泛素抗體。
2、泛素結合域的使用:
泛素結合域(如TUBEs、UBA、UBD等)可以特異性地結合泛素鏈。透過融合這些結合域到固相基質(如瓊脂糖珠),可以用來富集泛素化蛋白。
(1)Tandem Ubiquitin Binding Entities (TUBEs):TUBEs是一種用於富集泛素化蛋白的親和純化工具。它們是一種具有高親和力的蛋白質結構域,可以選擇性地結合泛素鏈,從而允許泛素化蛋白的富集和分離。
(2)Ubiquitin Affinity Resins:一些商業化的親和樹脂或柱子被功能化為具有高親和力的泛素結構域,可以用於富集泛素化蛋白。研究人員可以將樣品透過這些樹脂或柱子,以捕獲和富集泛素化蛋白。
(3)Ubiquitin Binding Proteins:一些蛋白質分子,如UBD(Ubiquitin-binding domains)家族的成員,具有高親和力的泛素結合結構域,可以用於富集泛素化蛋白。研究人員可以將這些泛素結合蛋白與樣品混合,然後透過親和純化將泛素化蛋白富集出來。
3、免疫沉澱:
使用抗泛素抗體進行免疫沉澱也是一種常用的方法,可以從複雜的樣品中分離泛素化蛋白。
圖1. 泛素化修飾研究路線
實驗操作中,需要注意樣品的處理和儲存條件,以防止蛋白降解或泛素標籤的丟失。同時,使用質譜等技術可以進一步鑑定和分析富集得到的泛素化蛋白。
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