深入定量生物樣本的iTRAQ/TMT蛋白組分析技術
- 樣本處理能力：TMT技術通常可以處理更多的樣本（最多16個），而iTRAQ最多處理8個樣本。
- 定量準確性：雖然兩種技術都提供高準確性的定量資料，但TMT的技術改進和更高的複用性使其在某些情況下可能更精確。
- 成本效益：iTRAQ的成本通常低於TMT，尤其是在分析的樣本數量較少時。
- 應用範圍：兩種技術都廣泛應用於生物醫學研究、疾病標誌物的發現、藥物靶標的鑑定以及系統生物學研究。
- 數據處理：TMT和iTRAQ的數據處理流程相似，但由於TMT可以分析更多樣本，因此數據處理可能更為複雜。
iTRAQ (Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation) 同位素標記的相對和絕對定量技術和 TMT (Tandem Mass Tag) 串聯質量標籤是兩種常用的質譜標記技術，用於蛋白組學研究中的蛋白質定量分析。這些技術透過使用化學標籤來量化不同樣本中蛋白質的表達水平，特別適用於比較不同條件下的生物樣本，如疾病狀態與正常狀態、藥物處理前後的細胞等。
iTRAQ技術
iTRAQ是一種基於同位素的標記技術，用於同時定量分析多達8個不同樣本中的蛋白質。它透過在肽段的N端及賴氨酸殘基上新增同位素標記，實現蛋白質的定量比較。iTRAQ標記的肽段在質譜儀中被識別並分解，產生特有的報告離子，這些離子的強度反映了原始樣本中相應蛋白質的丰度。
圖1. 四種不同樣品（S1-S4）多重反應的一般iTRAQ方案，用四種不同的顏色表示（Zieske et al.,2006）
TMT技術
TMT技術同樣是一種質譜標記策略，用於比較不同樣本中蛋白質的相對錶達量。TMT標籤透過共價結合到蛋白質的肽段上，允許同時分析多達16個不同的樣本。與iTRAQ類似，TMT標記的肽段在質譜分析過程中產生特定的報告離子，其強度用於計算蛋白質的相對錶達量。
圖2. 使用10plex TMT進行相對定量的流程（Zhang et al.,2017）
iTRAQ vs TMT
iTRAQ和TMT技術各有優勢，選擇哪一種技術取決於研究目的、樣本數量和可用資源。它們都是當前蛋白質組學研究中不可或缺的工具，為深入瞭解生物系統和疾病機理提供了強大的支援。隨著質譜技術的不斷進步，這些方法將繼續在生物醫學研究領域發揮重要作用。
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