Label-Free 蛋白組學實驗流程概述
- 蛋白質提取：從細胞、組織或生物流體中提取蛋白質。這一步驟通常包括細胞裂解、蛋白質沉澱和純化。
- 蛋白質量定量：使用BCA、Bradford或其他蛋白定量方法確定蛋白濃度。
- 酶解：將蛋白質樣本用酶（通常是胰蛋白酶）處理，將蛋白質水解成肽段。
- 肽段分離：使用反相高效液相色譜（HPLC）或其他色譜技術將肽段根據其親疏水性質分離。
- MS分析：肽段透過質譜儀進行分析，以確定其質量/電荷比率。
- 串聯質譜（MS/MS）：對選定的肽段進行進一步碎片化，以獲得用於蛋白鑑定和定量的資訊。
- 數據處理：使用專門的軟體處理質譜資料，如Proteome Discoverer、MaxQuant或其他。
- 肽段鑑定：透過資料庫搜尋演算法匹配肽段質譜圖譜到已知蛋白質序列。
- 蛋白質定量：基於肽段訊號強度進行蛋白質的相對量化。
- 資料解釋：分析蛋白質表達模式，識別顯著上調或下調的蛋白質。
- 生物學功能註釋：利用生物資訊學工具，如DAVID、STRING等，對發現的蛋白進行生物學路徑和功能分析。
- 驗證：透過Western blot、酶聯免疫吸附試驗（ELISA）等技術驗證關鍵發現。
Label-free 蛋白組學是一種用於分析蛋白質表達的方法，不需要預先標記樣本。這種方法的優勢在於它的簡便性、成本效益和適用於廣泛的樣本型別。以下是label-free 蛋白組學實驗的典型步驟：
1. 樣品準備
2. 蛋白質消化
3. 液相色譜分離
4. 質譜分析
5. 數據處理和分析
6. 生物資訊學分析
7. 驗證實驗
圖1.Label Free定量蛋白組學服務流程
百泰派克生物科技--生物製品表徵，多組學生物質譜檢測優質服務商
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