翻譯後修飾蛋白組學
- 識別和定量分析: 識別蛋白質上的PTM位點,以及這些修飾的丰度變化。
- 功能研究: 探究特定PTM如何影響蛋白質功能,包括酶活性、相互作用夥伴和亞細胞定位。
- 調控機制: 理解細胞如何透過PTM來調控複雜的生物過程。
翻譯後修飾蛋白組學 (Post-Translational Modification Proteomics,簡稱 PTM Proteomics) 是蛋白組學的一個子領域,專門研究蛋白翻譯後修飾的型別、位置和動態變化。由於翻譯後修飾對於蛋白功能、活性、定位和穩定性有著關鍵的影響,因此,對其進行深入研究對於理解細胞訊號傳導、蛋白網路互動和疾病發生機制等方面都具有重要意義。
圖1.蛋白質翻譯後修飾方式鑑定示意圖
翻譯後修飾的種類眾多,包括磷酸化、乙醯化、泛素化、SUMO化、糖基化、脫醯胺化等。翻譯後修飾致力於鑑定和量化這些不同的修飾:
質譜技術,特別是液相色譜串聯質譜 (LC-MS/MS),是研究翻譯後修飾的主要手段。透過質譜,可以鑑定修飾的具體位置和種類。爲了富集特定修飾的蛋白或肽段,經常使用親和純化技術,例如抗體沉澱或特定的結合珠。透過標記(例如 SILAC、iTRAQ、TMT)或標記自由(如SWATH、DIA)的方法,可以定量分析修飾在不同條件下的動態變化。大量的數據處理和分析需要專門的生物資訊學工具,例如MaxQuant、Skyline和Proteome Discoverer。
應用領域
1.疾病研究: 例如癌症、神經退行性疾病中的異常PTM。
2.藥物發現: 針對特定PTM酶的抑制劑或啟用劑的開發。
3.生物標誌物開發: 利用特定的PTM模式作為疾病的診斷或預後指標。
4.基礎生物學: 理解細胞訊號傳導、蛋白質摺疊和降解等基本生物過程。
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