蛋白質測序資料型別解析
蛋白測序通常指的是確定蛋白質的氨基酸序列。這涉及對蛋白質的氨基酸進行排序,以確定它們在蛋白質中的確切順序。蛋白測序的資料結果可以描述為以下資料型別:
1、氨基酸序列:
這是蛋白質測序的主要輸出,表示為一個由20種標準氨基酸單字母程式碼組成的字串。例如,一個小的蛋白片段可能有序列“MGSDKI”.
圖1
2、質譜圖資料:
如果使用質譜法進行蛋白質測序,會獲得一個質譜圖,顯示了不同的質荷比和相對強度。這可以幫助確定氨基酸片段的質量和組成。
圖2
3、覆蓋圖或對映:
這顯示了已經確定序列的蛋白質片段是如何對映回到整個蛋白質的。這可以幫助研究者瞭解已經確定了多少的蛋白質序列以及還有哪些區域尚未確定。
圖3
4、置信度得分:
對於每個確定的氨基酸位置,可能會有一個置信度得分,表明該位置的氨基酸標識的確信程度。
5、其他註釋:
可能包括已知的翻譯後修飾、亞單位資訊、已知的結構域等。
通常,氨基酸序列資料可以儲存在簡單的文字格式中,如FASTA格式。而質譜圖資料通常會儲存在專門的格式中,如.mzML、.mzXML或.raw格式。
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