tmt vs label free
- 多路複用：可以同時分析多個樣本，這可以節省時間並減少實驗變異性。
- 由於使用了等同位素標籤，增加了肽段識別的可靠性。
- 與標記程式相關的複雜性和成本增加。
- 由於干擾物種的共同隔離，可能會產生比率壓縮。
- 簡單性：無需標記，從而減少了樣品處理步驟和成本。
- 可以比較的樣本數量沒有限制，因為不需要多路複用標籤。
- 需要更嚴格地在執行之間進行標準化，以考慮到技術變異。
- 通常需要更多的重複實驗來達到與標記方法相同的統計效果。
一、TMT (Tandem Mass Tag) 標記
圖1. 基於TMT的蛋白質組學服務工作流程
1、原理：
TMT是用於定量蛋白質組學的化學標記方法。來自不同樣本的肽段會被不同的等同位素標籤化學標記。這些標籤設計得它們具有相同的質量，但在質譜儀中分解時會釋放出不同的報告離子。透過比較這些報告離子的強度，可以確定肽段在不同樣本中的相對丰度。
2、優點：
3、缺點：
二、非標記（Label-Free）定量
圖2. Label Free定量蛋白組學服務流程
1、原理：
無標籤定量依賴於比較不同執行中的肽段MS訊號的強度或計數，以確定肽段的相對丰度，而不使用化學標籤。
2、優點：
3、缺點：
三、比較：
雖然TMT由於使用標籤提供了多路複用的優勢和可能增加的準確性，但無標籤定量更為簡單，通常也更為便宜。選擇這些方法通常取決於研究的具體要求、可用資源和正在分析的樣本數量。
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