RNA-seq 中生物重複與測序深度的權衡
在RNA-Seq實驗設計中，生物重複和測序深度是兩個關鍵的引數，它們對資料質量和解釋結果的可靠性都有重要影響。理解它們之間的權衡是實驗設計的重要部分。
生物重複是指獨立取樣的個體數目。它對於估計生物過程中的變異性非常重要，有助於增強研究結果的統計力。更多的生物重複可以提高對實驗條件下基因表達差異的檢測能力，因為它們幫助區分生物變異和技術變異。
測序深度是指對RNA樣本進行測序的覆蓋率，即平均每個轉錄本被測序讀取的次數。測序深度影響基因表達水平的估計準確性和檢測低丰度轉錄本的能力。高測序深度可以提高資料的解析度，但隨之而來的是成本的增加。
增加生物重複通常比增加測序深度更能提高研究的統計功效，尤其是在鑑定基因表達差異時。在有限的預算下，通常建議優先選擇增加生物重複的數量，而非追求非常高的測序深度。但是，如果研究目的是發現非常低丰度的轉錄本，或者分析異質性極高的樣本，那麼適當的高測序深度可能更為重要。在實驗設計時，研究者需要根據研究目的、預算限制和必要的統計功效來平衡生物重複和測序深度的數量。
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