RNA-seq 資料量化

RNA-seq資料量化是指在RNA-seq實驗中將原始測序資料（通常是讀段，即reads）轉化為表達量的過程，旨在確定每個基因或轉錄本在給定樣本中的表達水平，這個過程包含幾個關鍵步驟：




1.讀段（Reads）質量控制：

在進行量化之前，首先需要對原始測序讀段進行質量控制。這通常涉及去除低質量的讀段、去除接頭序列以及過濾掉汙染的讀段。




2.讀段比對（Alignment）或直接量化：

• 傳統方法是將讀段比對（align）到參考基因組或轉錄組。這一步驟的目的是確定每個讀段在基因組中的確切位置。
• 另一種方法是直接量化，如使用k-mer計數或偽比對（pseudoalignment）技術，這些方法可以更快地將讀段直接分配給已知的轉錄本，而不需要完整的比對過程。




3.表達量估計：

• 確定每個基因或轉錄本的讀段計數。這涉及到統計比對到每個基因或轉錄本上的讀段數量。
• 爲了比較不同樣本中的基因表達水平，需要進行標準化處理，如TPM（Transcripts Per Million）或FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）。




4.差異表達分析：

• 在量化表達量之後，通常會進行差異表達分析，以識別在不同條件或處理下表達水平發生顯著變化的基因。





5.資料解釋和驗證：

• 量化的結果需要根據生物學背景進行解釋，並可能需要透過其他實驗方法進行驗證。




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