kegg 結果怎麼分析？

KEGG分析後，你會得到一個表格和通路圖：




1.KEGG通路表格基本資訊：

• Pathway Name: 該列顯示通路的名稱，即通路描述。
• Pathway ID: 該列為每個通路提供一個獨特的識別符號，例如hsa04110（代表人類細胞週期通路）。
• p-value: 這是統計測試的結果，表示你的基因集與特定通路之間的關聯顯著性。較小的p-value意味著更高的顯著性。
• Count: 這是在你的基因列表中與該通路關聯的基因數量。
• Gene list or Ratio: 列出了與該通路關聯的基因或顯示關聯基因數與通路中總基因數的比例。




2.KEGG通路圖基本資訊：

• 顏色編碼：通常，與你的基因集匹配的基因或蛋白質在圖上會被高亮或以特定顏色顯示。例如，紅色可能表示在你的基因列表中的基因。
• 圖形元素：箭頭、線和其他形狀表示基因或蛋白質之間的相互作用和關係。例如，箭頭可能表示一個蛋白啟用另一個蛋白。




3.如何解讀：

• 顯著性：檢視p-value，以確定哪些通路與你的基因列表顯著相關。經常會有經過校正的p-value，例如FDR，這是考慮到多重測試的。
• 通路中的關鍵基因：在KEGG通路圖上，高亮或特別著色的部分表示與你的基因列表匹配的基因。這些基因是你列表中與該通路特別相關的基因。




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