差異表達蛋白質統計分析

蛋白質差異性分析能夠極大地推動發現新的生物標誌物，提升生物標誌物鑑定的精準度，對臨床疾病分析具有重要價值。百泰派克能夠基於統計學資料提供更精準的蛋白質差異分析，以發現在不同生理狀態下和不同組織中的蛋白質水平表現的顯著差異。在差異表達蛋白統計過程中，將FC≥1.3(或≤1/1.3)作為差異蛋白的統計標準。FC≥1.3的蛋白認為是上調（up-regulation），FC≤1/1.3的蛋白認為是下調（down-regulation）。差異表達蛋白數目統計如下表：




差異表達蛋白數目統計表


1. 韋恩圖

透過韋恩圖可以清晰看出兩組差異組合之間的共有和特有差異表達蛋白數量：




圖1 差異表達蛋白韋恩圖


2. 火山圖

透過火山圖（Volcano Plot）可以快速地檢視蛋白在兩個（組）樣品中表達水平的差異，以及差異的統計學顯著性。




圖2 差異表達蛋白火山圖

注：差異表達火山圖中的每一個點表示一個蛋白，橫座標表示某一個蛋白在兩樣品中表達量差異倍數的對數值；縱座標表示t檢驗p value。橫座標絕對值越大，說明表達量在兩樣品間的表達量倍數差異越大；縱座標值越大，表明差異表達越顯著，篩選得到的差異表達基因越可靠。圖中綠色的點代表差異表達下調蛋白，紅色的點代表差異表達上調蛋白，黑色表示非差異表達蛋白。