資料的完整性和準確性是後續獲得具有統計學和生物學意義的分析結果的必要條件。在確保實驗設計的合理性和實驗資料的準確性的基礎上，百泰派克首先對資料的完整性進行檢查，對缺失值進行刪除或者補充，刪除極值，並對資料進行樣本間和代謝物間的歸一化處理，以確保各樣本之間和代謝物之間可平行比較。原始資料中，缺失值超過50%的代謝物將被去除，不參與後續分析；對代謝物的表達量進行對數轉換並利用Autoscaling方法（Mean-centered and divided by the standard deviation of each variable）進行歸一化處理。下圖顯示了正離子模式資料經歸一化處理前後的分佈情況，結果表明資料經歸一化處理後基本呈正態分佈。
