差異表達蛋白質的聚類分析

為檢驗所選取的差異表達蛋白質或特徵差異表達蛋白質的合理性和準確性，可以透過聚類分析將蛋白按照表達量的趨勢聚合在一起，可以實現更為直觀的蛋白質組學資料分析。


1. 層次聚類分析

對篩選出的差異表達蛋白做層次聚類分析，將具有相同或相似表達模式的蛋白進行聚類。差異表達蛋白聚類結果如下圖：




圖1 差異表達蛋白層次聚類圖

注：圖中不同的列代表不同的樣品，不同的行代表不同的蛋白。顏色代表了蛋白在樣品中的表達量水平。

2. K-means聚類分析

為研究蛋白在不同實驗處理下的表達模式，對樣品的表達量進行K-means聚類分析，同一類的蛋白在不同的實驗處理下具有相似的變化趨勢，具有相似變化趨勢的蛋白往往具有相似的功能：




圖2 差異表達蛋白聚類折線圖

注：x軸表示樣品分組，y軸表示表達量。黑色線條表示這個cluster中的所有蛋白在不同實驗條件下相對錶達量的平均值的折線圖。