如何保證蛋白的質譜鑑定質量？

首先，在蛋白質質譜鑑定過程中，Mascot會根據候選肽段的數目和得分來確定一個鑑定閾值，如果肽段和譜圖匹配的離子得分低於鑑定閾值就會被過濾掉，只有離子得分大於閾值的肽段會被視為可信肽段；其次，還可以設定某蛋白的特有肽段個數，如設定A蛋白的特有肽段數為2，那麼當蛋白A至少含有2個特有肽段時就認為被鑑定到。

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