質譜儀測蛋白質怎麼根據荷質比判斷是哪個氨基酸的呢？

質譜儀測量蛋白質時，並不是直接根據荷質比（m/z）來判斷氨基酸。實際上，質譜儀測量的是蛋白質或肽段（蛋白質降解產物）的荷質比。透過肽段的質譜資訊，可以推斷出原始蛋白質的氨基酸序列。以下是質譜分析中推斷蛋白質氨基酸序列的基本步驟：




1.收集肽段的一級質譜和二級質譜資料。




2.根據二級質譜資料，分析肽段的碎片離子（即b離子和y離子）。




3.分析碎片離子的荷質比，確定各個碎片離子之間的質量差。




4.將質量差與已知氨基酸的質量列表進行對比。這個質量列表包括了所有標準氨基酸的質量值。這個過程通常需要藉助生物資訊學軟體來完成。




5.根據質量差匹配到的氨基酸，推斷肽段的氨基酸順序。




需要注意的是，氨基酸的判斷可能會受到實驗條件、質譜儀的效能、樣品純度等因素的影響。因此，在分析質譜資料時，通常需要結合其他實驗技術和生物資訊學方法來提高準確性。




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