關於蛋白質組如何計算表達水平?
在蛋白質組學研究中，衡量蛋白質表達水平的常用方法是基於質譜資料的相對或絕對定量。常見的定量方法包括標記法和非標記法：
1.標記法定量：
使用同位素標籤技術對蛋白質或肽段進行標記。常見的標籤法有如同位素標記（如SILAC， ICAT， TMT， iTRAQ等）。透過比較不同樣品中同位素標籤訊號的強度，可以計算蛋白質表達水平的相對變化。這裏的log2-fold change（log2FC）類似於RNA-seq資料中的logCPM。正負log2FC值表示蛋白質在實驗組相對於對照組的上調或下調。
2.非標記法定量：
無需對蛋白質或肽段進行標記，直接比較質譜訊號強度。常見的非標記定量方法有基於肽段的標準譜計數（Spectrum Counting， SC）和基於峰強度（如MaxQuant軟體中的LFQ強度）的定量。在這些方法中，蛋白質的相對丰度可以透過計算不同條件下的肽段譜計數比值或峰強度比值來估算。與標籤法類似，可以使用log2FC來表示蛋白質表達水平的變化。
3.絕對定量：
透過將目標蛋白質的訊號強度與已知濃度的內標蛋白質進行比較，可以計算目標蛋白質的絕對錶達水平。常見的絕對定量方法有MRM（MultiReaction Monitoring）或PRM（Parallel Reaction Monitoring）。這些方法提供了更精確的蛋白質定量結果，但適用性有限，通常只用於研究某一特定蛋白質。
蛋白質組學中的log ratio（如log2FC）可以用於衡量蛋白質表達水平的變化，並可以用於表達量的排序。在進行蛋白質表達水平排序時，請注意，需要根據實驗設計和質譜數據處理方法選擇合適的指標。同時，要考慮統計學和生物學意義，確保蛋白質表達量的變化具有顯著性和生物學相關性。
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