蛋白組學的樣本包括哪些？

蛋白組學研究中的樣本型別多種多樣，包括細胞、組織、體液（如血液、尿液、腦脊液等）、微生物、動植物組織、環境樣本（如土壤、水、空氣等）等。針對不同的樣本型別，製備方法和要求也有所不同：




一、細胞樣本製備：




1.收集細胞：

首先收集培養的細胞，進行洗滌去除培養基中的血清蛋白等雜質。




2.蛋白提取：

使用蛋白提取緩衝液（如 RIPA 緩衝液、SDS 緩衝液等）對細胞進行裂解，釋放細胞中的蛋白質。




3.離心分離：

透過離心分離清除細胞殘渣和未破碎的細胞，收集含有蛋白質的上清液。




4.蛋白濃度測定：

使用蛋白濃度測定方法（如 BCA、Bradford 等）測定提取的蛋白質濃度。




二、組織樣本製備：




1.收集組織：

手術切除或動物實驗獲取組織樣本。




2.切除雜質：

在組織收集後立即去除血管、脂肪等雜質。




3.處理組織：

將組織分為若干份，並根據需要進行冷凍儲存或固定。




4.蛋白提取：

對組織樣本進行均質化、裂解、離心等步驟，以提取蛋白質。




三、組織樣本型別的適用性：




1.新鮮組織：

新鮮組織在採集後應立即進行處理，以防止蛋白質降解和失活。可以使用蛋白酶抑制劑、冷凍破碎或超聲波等方法進行組織分解和蛋白提取。這種型別的組織樣本在蛋白質組學分析中效果最好。




2.固定組織：

對於形式固定和石蠟包埋的組織樣本，需要進行脫蠟、水解和抗原修復等步驟，以便進行蛋白質提取。這些處理過程可能會影響蛋白質的完整性和可溶性。雖然固定組織可用於蛋白組學研究，但可能需要最佳化實驗條件。




3.凍存組織：

凍存組織在採集後立即進行冷凍儲存（通常為 -80℃），以防止蛋白質降解。使用前需要將組織從低溫環境中解凍，然後進行蛋白提取。凍存組織在蛋白組學研究中的效果通常較好，但凍融過程可能導致某些蛋白質的損失或改變。




關於組織儲存的時限要求，一般來說，固定組織和凍存組織可以長時間儲存。然而，隨著儲存時間的增加，可能會出現蛋白降解、氧化等現象。因此，建議儘量在短時間內（幾周到幾個月）使用儲存的組織，以獲得最佳的實驗結果。實際的儲存時間可能因實驗室條件、組織型別和儲存方法的不同而有所差異。在進行蛋白組學實驗前，建議檢查儲存的組織樣本的質量和完整性。




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