蛋白分析FAQ彙總

• • 不同物種來源或不同型別的樣本做iTRAQ能否一次上機？

  不能，因為不同物種或不同型別樣本的蛋白資料庫不同，如果混合上機檢測的話，就無法選擇資料庫分析質譜下機資料，資料會相互干擾，導致蛋白定性定量資料不準確。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 用不同的資料庫檢索同一iTRAQ下機資料時，各組間的比值為何不同？

  由於使用不同資料庫檢索時肽段的匹配情況可能不同，不同標記物之間的比值可能也不同，導致定量的結果存在些許差異，但是總體的變化趨勢應是一致的。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 為什麼同一個編號檢索出來多個蛋白質？

  因為來源於同一蛋白家族的蛋白質具有較高的同源性，這些同源性很高的蛋白質之間存在保守性較高的序列，當被酶切後可能會產生序列相同的肽段，軟體識別到這些相同的肽段後，會將其歸於得分最高的那種蛋白質，而其他同源蛋白則不計分，因此這些同源蛋白都採用同一編號。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 可以做蛋白定性分析的樣本有哪些？

  各種動植物組織/體液/細胞、微生物樣本、蛋白溶液、SDS-PAGE膠條、2DE-PAGE膠點、Pull-down下拉蛋白、IP蛋白樣品、WB目標條帶等符合送樣要求的樣本均可進行蛋白質定性鑑定。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 一次蛋白全譜分析能鑑定多少個蛋白質？

  蛋白全譜分析可鑑定的蛋白質數量與物種、樣本中蛋白質含量及複雜程度、蛋白組分分離程度、資料庫的完整度都有很大的關係。一般情況下，一次全譜分析可以鑑定3000-5000種蛋白；膠條樣品可以鑑定幾種到幾百種蛋白質。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 雙向凝膠電泳與質譜聯用鑑定蛋白大致過程有哪些？

  首先對凝膠圖譜進行差異掃描分析，找到差異蛋白點並切下，然後對蛋白膠點進行脫色、溶解、蛋白提取、酶解消化和質譜檢測，再對質譜下機資料進行搜庫分析，對差異蛋白進行定性定量鑑定。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 目前可進行蛋白全譜分析的物種有哪些？

  理論上所有的物種均可進行蛋白全譜分析。蛋白全譜分析需要對應物種的蛋白質資料庫作為支援，對於已進行全基因組測序的物種來說，進行蛋白全譜分析不是難題，對於缺乏基因組資料庫的物種來說，可以用近緣物種或者所在科屬的資料庫作為支援。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 有9個樣品，如何做iTRAQ？

  在一次實驗中，iTRAQ可以同時標記4至8個樣品，當樣品數量超過8時不能在一次實驗中用試劑盒同時標記，此時可以進行生物學重複來完成9個樣品的標記，不建議用兩種試劑盒分別標記。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 為什麼肽樣品需要在上樣柱前進行預處理？製備方法有哪些？

  製備柱更容易被汙染，因為相比較分析柱而言處理的樣品更多。 因此，需要對樣品進行預處理以延長色譜柱的使用時間。 主要有五種方法：過濾、離心、柱前過濾和線上過濾。相關服務:肽純度分析

• • 蛋白質譜鑑定不成功的原因一般有哪些？

  蛋白含量過低和酶解或質譜操作失誤導致的質譜效果不好/缺乏可參考的蛋白資料庫。相關服務:蛋白質質譜鑑定